De KOE wordt in 1993 door de Vlaamse gemeenschap officieel erkend als gesubsidieerd gezelschap. Met Drie Koningen (Steven Van Watermeulen, Frank Focketyn, Koen De Bouw) en de performance-installatie De rest is overschot maken ze dat jaar twee voorstellingen gelinkt aan het thema 'macht'.

In 1994 tourt de KOE met Monoloog geterroriseerd en werkt het gezelschap aan Talkshow I, een op het gekende televisieformat geïnspireerde theatervoorstelling met enkele vaste KOE-acteurs - Focketyn, Teeken, Van den Eede, Belmans - en met Tamar Van den Dop. In 1999 wordt dit concept nog eens in het groot overgedaan in een co-productie met Het Toneelhuis. Mark Uytterhoeven en Tom Lanoye staan mee aan het roer.

De KOE nodigt auteur J.M.H. Berckmans (midden) uit een theatertekst te schrijven. Uiteindelijk komt er geen nieuwe tekst, maar wel een voorstelling gebaseerd op Berckmans’ kortverhalen: De Menagerie van de Schamele Drie.

Hilde Van Mieghem vormt voor In De Gloria, net als bij de Menagerie van de Schamele Drie, een trio met Peter Van den Eede en Frank Focketyn.
Van den Eede: “In De Gloria speelt met de onmogelijke paradox van een drama zonder drama, een conflict zonder conflict. Niets barst los. Of toch wel? De bal lag in het kamp van de toeschouwer. Voor de ene: terreur en agressie ten aanzien van de menselijke natuur, voor de ander: een climax van liefde.”
Ook in '96 maakt Frank Focketyn met Warre Borgmans Titel onbekend.

KOE-acteurs Frank Focketyn en Steven Van Watermeulen staan op het podium met de acteurs van Het Zuidelijk Toneel in Peter Van den Eedes regie van Vondels Lucifer.

“Ik neem met Lucifer geen gigantische bocht,” zegt Van den Eede. “Het is een verlengstuk van datgene waar ik al jaren mee bezig ben. Ik maak theater omdat ik op zoek ben naar waar dingen vandaan komen, of waarom we dingen doen, naar de wortels van onze hang naar kennis en onze communicatiedwang… Als je daarover nadenkt, kom je terecht bij de oorsprong van de mens.”

My Dinner with André is de eerste van vele samenwerkingen tussen tg STAN en de KOE, beide opgericht in ’89. Na een aanvankelijk kritische respons van pers en publiek groeit het stuk uit tot een cultvoorstelling die verschillende prijzen in de wacht sleept. Damiaan De Schrijver en Peter Van den Eede spelen hem intussen al twintig jaar en denken nog niet aan ophouden.
Andere KOE-producties in '98 zijn De Slag van Glottis - met Sien Eggers, Anne De Wilde en Luc Nuyens - en De Nijl is in Caïro aangekomen.

In de late jaren ’90 worden er nieuwe acteurs geïntroduceerd bij de KOE, terwijl anderen weggaan. Bruno Vanden Broecke en Katelijne Damen doen in ’98 en ’99 hun intrede. Damen deelt een paar jaren lang de artistieke leiding met Peter Van den Eede; Vanden Broecke maakt tot 2006 deel uit van de artistieke kern.
Ook freelancers als Lucas Van den Eynde en Sien Eggers, die in resp. 2016 en 2018 nog op het podium stonden in een KOE-productie, maken in die periode hun opwachting.
Naast Talkshow II maakt de KOE in '99 met STAN de coproductie Het Jachtgezelschap, naar de tekst van Thomas Bernhard.

In 2000 begeleidt Peter Van den Eede IO, het afstudeerproject van het kersverse SkaGen (Yves Degryse, Valentijn Dhaenens, Korneel Hamers, Mathijs Scheepers en Clara Van Den Broek, hier op het podium met Bruno Vanden Broecke). De volgende jaren blijft hij betrokken bij de theateropleiding van het conservatorium. Datzelfde jaar maakt Katelijne Damen samen met Frans Van der Aa en Jan Steen De Liefde Het Is.

Stefaan Van Brabandt speelt voor het eerst bij de KOE in de Woody Allen-pastiche Van alles naar Allen (met ook o.a. Barbara Sarafian, Roselien Dhaenens, Bruno Vanden Broecke en Clara van den Broek). Meer dan een decennium lang wordt hij één van de belangrijkste motoren achter de KOE. Peter Van den Eede tourt dat seizoen met Vanden Broecke ook In den beginne... Squirrels, een voorstelling gebaseerd op de tekst van David Mamet. Met Katelijne Damen maakt hij Elisabeth en Essex.

In 2002 doet een pas afgestudeerde Natali Broods mee in twee KOE-producties: in Kleine Bezetting, een voorstelling die ze samen met Bruno Vandenbroecke maakt, en in de coproductie Drie Zusters (met tg STAN).
Dat jaar werken Peter Van den Eede en Damiaan De Schrijver opnieuw aan een polycoproductie, samen met Matthias de Koning, met als resultaat het iconische Vandeneedevandeschrijvervandekoningendiderot, naar Diderots Paradoxe sur le Comédien.

Poes Poes Poes is een groots opgezet experiment, een televisiefeuilleton dat in 2003 wekelijks in de theaterzalen te volgen is en daarna verdwijnt, met een rits topacteurs uit de Vlaamse theater- en televisiewereld, een script van Paul Mennes en regie van Frank Van Passel, die ook tekende voor de bekroonde serie Terug naar Oosterdonk.
2003 is een druk jaar voor de KOE, dat daarnaast nog tourt met voorstellingen als Quarantaine, De miserie van de jonge Werthers, Drop Dead Money en de Franstalige versie van Vandeneedevandeschrijvervandekoningendiderot (Du serment de l'écrivain du roi et de diderot).

In 2004 heette Johan Daisnes magisch-realistische roman De man die zijn haar kort liet knippen reeds lang gedateerd te zijn. Maar de gelijknamige voorstelling van Natali Broods en Peter Van den Eede groeide uit tot een tijdloze klassieker, met een Franstalige versie in 2014. De voorstelling is gebaseerd op de ideeën in het boek, zonder letterlijk het verhaal te volgen.
Van den Eede: “Ik vind niet dat je een heel verhaal nodig hebt om tot diepgang te komen. Een verhaal zorgt voor afleiding, de essentie is wat erachter zit. Ik hou ervan om inhoudelijk zo weinig mogelijk prijs te geven door de vorm zoveel mogelijk te laten bepalen. Met zo weinig mogelijk noten zoveel mogelijk muziek maken.”
Naast deze intieme dialoog speelt de KOE in 2004 ook De Wet van Engel, met een uit de kluiten gewassen cast: Nico Sturm, Bas Teeken, Stefaan Van Brabandt, Clara Van den Broek, Bruno Vanden Broecke, Maarten Westra Hoekzema en Koen De Bouw/Gène Bervoets.

In 2005 zijn Peter Van den Eede / de KOE centrale gast op Theater Aan Zee. Vier voorstellingen worden hernomen: De Gebiologeerden, De wet van Engel, De miserie van de jonge Werthers en In den beginne... Squirrels. Daarnaast nodigt de KOE verwante makers uit, zoals De Onderneming (in 2006 opgesplitst in Lazarus en Comp. Marius) en Maatschappij Discordia. Op de slotavond van TAZ#2005 toveren de zingende en musicerende acteurs uit het gezelschap Café Koer om tot Café KOE met een bruisend slotconcert.
Maar 2005 telde niet alleen hernemingen, ook de premières van Who's afraid of Virginia Woolf en Millernin en de eerste Franstalige tour van My Dinner with André vonden dat jaar plaats.

Utopie van het Atoom is de laatste voorstelling die Bruno Vanden Broecke bij de KOE maakt.
“Zowel de wetenschapper als de kunstenaar verdiepen zich in de diepte, beiden gebiologeerd door de oorsprong van het leven. De ene in de ban van het ware, de andere in begoocheling door het waarachtige.” (Peter Van den Eede)

In Glanzen, een coproductie met Pieter De Buyssers Lampe, kruipen Peter Van den Eede en Sien Eggers in de huid van David Copperfield en Claudia Schiffer. De Morgen noemt het een ideale coproductie: “Wat is het alternatief voor toneelspelen? Voor de KOE is dat altijd een avondje rondkletsen met ware naturel, voor schrijver-regisseur De Buysser steeds een zoeken naar een kritische zijntoestand voorbij de 'inpakkende kunst'. Die twee artistieke lijnen komen in Glanzen erg mooi samen.” (Wouter Hillaert)
Ook Nico Sturm zet in 2007, samen met Evelien Broekaert, Stefaan Degand, Pol Geusens en Nick Timmermans, een nieuwe productie op poten: de muziekvoorstelling Burgerlijke Ongehoorzaamheid.

De polycoproductie Onomatopee brengt maar liefst vier gezelschappen samen: de KOE, STAN, Maatschappij Discordia en Dood Paard, met als vijfde man freelancer Willem de Wolf. Matthias de Koning introduceerde Willem bij de club; uiteindelijk zal Peter Van den Eede hem uitnodigen om bij de artistieke kern van de KOE te komen.
Ook trekt de KOE naar Frankrijk, met Qui a peur de Virginia Woolf, naar de Nederlandstalige versie uit 2005.

Om het twintigjarige jubileum te vieren kruipen vaste KOE-acteurs Sien Eggers en Nico Sturm op het podium met Jan Decorte en Sigrid Vinks voor de voorstelling Een gelukkige verjaardag, gebaseerd op de bekende documentaire Grey Gardens. Decorte was, naast Maatschappij Discordia, in een latere fase één van de belangrijkste invloeden voor de KOE. Dat maakt deze samenwerking extra betekenisvol.
In 2009 tourt de KOE ook met de nieuwe voorstelling Laat op de avond na een korte wandeling.

In Wit keert de KOE terug naar het prille, het naïeve van het begin. Wit vormt ook het begin van het meest recente hoofdstuk in de geschiedenis van de KOE: de huidige artistieke kern met Peter Van den Eede, Natali Broods en Willem de Wolf. De daaropvolgende jaren maken ze met Rood en Zwart de trilogie De Wederopbouw van het Westen compleet.

Peter en Natali touren in Frankrijk met Outrage au Public, een bewerking van Peter Handkes Publikumsbeschimpfung, samen met Gène Bervoets, Marijke Pinoy en Sofie Palmers. Peter maakte de oorspronkelijke versie in 2006 samen met een groep conservatoriumstudenten - Thomas Ryckewaert, Jonas Van Geel, Oscar Van Rompay, Barbara Vanwelden, Fran Verstegen en Ward Weemhoff - als afstudeerproject, en nadien speelden zij de voorstelling in die formatie bij de KOE.
Datzelfde jaar maakt Willem de Wolf als sluitstuk van zijn opleiding Duitse taal en cultuur de monoloog Krenz, de gedoodverfde opvolger.

Informeel noemen ze zich “de Jongens”, ook al doet Sara De Roo inmiddels ook mee met de polycoproductie. Voor het eerst bij We hebben een/het boek (niet) gelezen in 2010 en in 2012 bij Beroemden.

Het uitgangspunt van Olga: wat als we in plaats van een Tsjechov te spelen, gewoon een nieuwe Tsjechov schrijven? Voor de eerste keer speelt dochter Ans Van den Eede ook mee in het gezelschap van haar vader.
Ook in 2013 maakt Willem de Wolf samen met Lineke Rijxman van Mugmetdegoudentand Vermogen, en wordt De wederopbouw van het westen als één 4,5 uur durende marathonvoorstelling opgevoerd.

In The Marx Sisters, een coproductie met tg STAN, vertolken Natali Broods en Sara De Roo de dochters van Marx. Willem de Wolf schreef de tekst en speelt ook mee.
De Wolf: “Ik groeide op in een gezin waar politieke discussies deel uitmaken van de familietraditie. In theater, in literatuur, in elk kunstwerk zoek ik filosofische en maatschappelijke reflectie. Dat is mijn definitie van kunst: het prikkelt je denken over de maatschappij en over hoe we die samenleving kunnen veranderen/verbeteren.”

In samenwerking met het Théâtre Garonne in Toulouse brengen Peter, Natali en Willem een Franstalige versie van hun groots opgezette trilogie WitRoodZwart: de Wederopbouw van het Westen.

“We hebben uiteraard nog nooit een Tsjechov naar de letter gebracht. Zoals we nu ook helemaal geen Beckett zullen brengen. Een vorige voorstelling, Olga, begon als een pastiche op Tsjechov, maar schoot daar geleidelijk aan doorheen, tot we in een universum kwamen dat bijna Beckettiaans was. Het absurde immobilisme van de ene wordt op de spits gedreven door de andere.’” (Peter Van den Eede over Beckett Boulevard)

Na Olga doet de KOE opnieuw een grote ensembleproductie: voor HelloGoodbye zijn Michael Vergauwen, Ans Van den Eede en Sien Eggers opnieuw van de partij, met nieuwkomers Tanya Zabarylo en Mats Vandroogenbroeck. In 2017 is er ook sprake van een eerste samenwerking met het Antwerpse gezelschap De Nwe Tijd: de Duits-Nederlandstalige productie ForsterHuberHeyne. Met Myriam Van Imschoot en een hele rits vrijwiliigers maakt Willem de Wolf de muziekvoorstelling IN KOOR!

Naar aanloop van het jubileumjaar in 2019 haalt de KOE twee belangrijke voorstellingen uit haar geschiedenis terug van onder het stof: Krenz, de gedoodverfde opvolger (najaar 2018) en Who’s afraid of Virginia Woolf (voorjaar 2019).

De KOE wordt 30 en viert dat met ACHTER/AF, een voorstelling over terugblikken en vooruitgaan!